MAKALELER / TARIMDA PROTEİN VE KULLANILMASI
MIKOPLAZMALAR
Bakterileri tutan,filtrelerden geçebilen,bakterilerden daha küçük olan ama bakteriler gibi sert hücre çeperi bulunmayan bir çesit mikroorganizmalardir. Bu mikroorganizmalar biçim ve sekil degistirme kabiliyetine sahiptgrler.Belli bir biçimi ve sekli olmayan bu canlilara ilk önce PPLO ( PLÖROPNÖMONIYE ) benzer organizmalar denmistir.Daha sonra MIKOPLAZMA adini almistir.
Prokaryotik hücrelerin içerisinde en küçük hücreler mikoplazmalardir. Mikoplazmalarin en büyükleri0,1 ila 0,3nm.(nanometredir) Mikoplazmalarin bazi türleri bitki ve hayvanlarda ,birlikte bulunduklari bakteri,mikrop,virüs,viroidlere bagli olarakhastalik yaparlar.Bazi türleri de insan ve hayvanlarin çesitli mukozalarinda yasarlar.PPLO (plöropnömoniyeler)çok küçük olduklarindan bölünmeleri hakkinda pek bir bilgi yoktur.Bakteriler gibi kültürde yetistirilebilirler.Bu noktada bakteriler üzerinde mitoz bölünmeyi Plöromitoza(egri mitoz)neden olabilmektedirler.Bakterilerle girdikleri simbiyonize yasam içerisindebakteri gücünü 136 ila 243 kata kadar çikartabildikleri düsünülmektedir.
B5A MIKOPLAZMIK TOPRAK AKTIVATÖRÜNDE kullanilan bakteri, mikoplazmalar redükte edilerekve çesitli enzimatik reaksiyonlarla bakteriyofaj ve ottofaj faaliyetlerinde sürekli döngü saglanir.Aerobik bakteriler,anaerobik bakteriler ve mikoplazmalar bir birlerine bagimli bi sekilde yasamalari saglanir.Dolayisi ile organik bilesikler olusturulur.Bu organik bilesikler ilk etapta peptid.dipeptid.tripeptid ve polipeptid olarak solüsyon halde bakteri ve mikoplazma kompleksine kismi verilir.Daha sonra organik bilesikler (ki bunlar her türlü iz element,protein ve aminoasit içerirler.)tekrarlanan birimlerin ve molekül zinciri biçiminde uzamasi sonucunda olusurlar.Tekrarlanan birimler MONOMER ,olusan makrokoleküllere POLIMER,bu olayada POLIMERIZASYON denir.Karbonhidratlarda oldugu gibi monomerler hep ayniçesit olabilir.Veya proteinlerde oldugu gibi 20 farkli monomer olabilir.
Protoplazmanin fonksiyonel ve yapisal özelliklerinden sorumlu olan makromoleküller ,proteinler,lipidler,karbonhidratlar ve nükleik asitlerdir.
B5A MIKOPLAZMIK TOPRAK AKTIVATÖRÜNÜN BÜNYESINDE VE TOPRAKTA OLUÞTURDUGU REAKSIYONLAR:
AÇIKLAMALAR:
Proteinler hücrenin en önemli organik maddelerinden biridir.(Yunanca en önemli veya 1.dereceden önemli anlamina gelir)Proteinler canlilik fonksiyonlarinin sürdürülebilmesi için kesinlikle gerekli olan bilesiklerdir.Proteinlerin yapitaslari aminoasitlerdir.Her aminoasitin ortak özellikleri,terminal bir amino grubu (-NH2)ve bir karboksil grubu (-COOH)ile birlikte C atomuna bagli bir yan zincir ® bulunur.Aminoasitlerin ortak fomülü(NH-CHR-COOH)dir.Bazi aminoasitlerinde Birden fazla aminoasit ve karboksil grubu tasidiklarindan AMFOTER karakter gösterirler.Aminoasitler birbirleri ile önce gelen aminoasitin karboksil grubu , sonra gelen aminoasitin amino grubuna bir molekül su çikacak sekilde baglanir.Bu baga peptid bagi denir.(-NH-CO-)Böylece iki aminoasit birleserek dipeptid,üç aminoasit birleserek tripeptid, ve proteinleri yapacaklari zaman pek çogu birleserek polipeptidleri olustururlar.
AMINOASITIN GENEL FORMÜLÜ
H
I
N2H- -C---COOH
I
R (yan zincir)
PROTEINLERIN ORTAK ÖZELLIKLERI
Proteinlerin ortak özellikleri aminoasitlerin sayisina,çesidine ,aminoasitlerin polipeptid zinciri üzerindeki siralanislarina baglidir.20 çesit aminoasit protein sentezi sirasinda farkli siralanmalari ile çok çesitli proteinler olustururlar.Aminoasitleri polipeptid zincirindeki farkli siralanmalari nedeni ile her canli organizma türü için özel olan protein tipleri vardir.Birininki digerine uymaz.Bu nedenle gerektiginde bir türden diger bir türe aktarilislarinda problemler çikabilir.Mesela kan verilisi sirasinda ,hastaya verilen kan uygun olmadiginda sok ve ölüm gerçeklesir.
Isinma,yüksek basinç,asidite gibi etmenler protein zincir yapisini bozar.Buolaya (DENATÜRASYON) denir.Denatürasyona etki hafifse,normal kosula dönüste yapi eski halini alabilir.Bu olaya (RENATÜRASYON) adi verilir.Denatürasyonda etki kuvvetli lse degisiklik geri dönmez.Tek yönlüdür.Buna da (IRREVERZIBL) denir.
Aminoasitlerin olusturdugu polipeptid zinciri protein molekülünün (PRIMER YAPISI) ni olusturur.Primer bazen düz dogru seklinde (LINEER)olsa da çogu kez katlanmalar yada esas zincire dik,yan zincirlemeler biçiminde degisiklik olabilir.Buna priteinlerin (SEKONDER YAPISI)denir.Polipeptid zincirinin Yün yumagini andirirsekilde katlanma,büklme ve çesitli baglanmalarla bir arada tutuluslarinda ,proteinlerin (TERSIYER YAPISINI)olusturur.Proteinlerin primer,sekonder ve tersiyer yapilarinda yalniz bir polipeptid zincir vardir.Eger bir protein yapisinda iki veya daha fazla zincir varsa proteinlerin ‘dördüncü (KUATERNER) ‘yapisindan söz edilir.Iki veya daha fazla polipeptid zinciri birbirine esit veya esit olmayabilir.Her iki durumda da birbirlerine zayif baglarla baglanmislardir.
ÖRNEGIN; Hemoglabin molekülünde 2 alfa (a) ve iki beta ( β)zinciri olmak üzere dört polipeptid zincir mevcuttur ve 600 aminoasit yerlesmistir.
MIKROORGANIZMALAR
BAKTERILER: Bakterilerin birçogu serbest yasarlar, bir kismi hayvan ve bitkilerde asalak veya simbiyonize(ortak yasam)seklinde yasarlar.Bir bakteri yaklasik olarak bir mitokondri büyüklügündedir. Bakteriler ökaryot hücreler gibi kültürlerde yetistirilebilir veya üretilebilir. Bakteriler dis taraftan protein, lipit ve polisakkarid moleküllerinden olusan 10nm.(nano m.)kalinliginda ve seliloz içermeyen oldukça sert geçici permeabl kabiliyetine (geçirgenlik) özelligine sahip bir hücre çeperi ile çevrilidirler.
Her hücre çeperi sekil ve dayaniklilik verir. Hücre çeperinin altinda lipoprotein yapida seçici geçirgen(semipermeabl) bir plazma zari bulunur. Elektro mikroskop ile görülebilen ve bakterilerin ortasinda elektronca az yogun bölge veye bölgelere NÜKLEOID adi verilir.Nükleoid okaryotik hücrelerin nükleolusuna es degerli bir benzeridir.Nükleolid te; onu saran bir zar, nükleolus ve mitoz bölünmez. Dokunulmamis bir bakteride nükleoid belirgin degildir. Nükleoid bölgesi onu iyi görümesini engelleyen RNA(Ribo nükleik asit)’nin asitler ve RNaz(Ribo Nükleaz)la giderilmesinden sonra, yapilan boyamalarla belirgin olarak görülebilir. Nükleoid ‘te bakteri kromozom’u olarak kabul edilen 100-150 nm uzunlugundaki ikili sarmal yapida bulunan ve çember biçimde bakteri deoksiribonükleid asit(DNA) bulunur.NÜKLEOID bir zarla sinirlandirilmadigindan, bakteri DNA’si, bakteri protoplazmasi içinde serbesttir.
Bakteri DNA’si Histon tipinde protein içermez. Fakat poliamin denilen ve amino gruplari içiren küçük moleküller bakteri DNA’sinin birtakim fosfat gruplarina baglanma kabiliyetine sahiptirler.Bakteri Kromozomuna ek olarak bazi bakteriler otonom olarak ve replike olarak, küçük, extrakromozomal ve sirküler bir DNA molekülleride içerebilirler. Bu moleküle PLAZMID denir. Plazmid ler en çok gen mühendisliginde kullanilirlar.Plazmidlerin bazi çesitleri bir takim antibiyotik ve kimyasallara karsi dirençli genleri olustururlar veya içerirlerç. Bakteri protoplazmasi oldukça Homogen bir yapisi vardir. Içerisinde vakuol buunmaz ve AMEBOID hareket görünmez. Bakteri protoplazmasi içerisinde Bakteri ribozomlari bulunur. Bu Ribozomlar Ökaryetik hücrelerin sitoplazmik ribozomlarindan farklidir. Bakterilerdede Riboomlar Ökaryotik hücrelerin sitoplazmik ribozomlari gibi protein sentezleme(yapma ve yikma) merkezleridir.Bakterilerde Golgi Aygiti, mitokondri ve kloroplast gibi organeller yoktur. Solunumlari ile ilgili enzinler plazma zari üzerine yerlesmislerdir. Hücre zarinin bazi yerlerinden içe dogru eldiven parmagi gibi çökmesi ile olusan mezozomlarin mitokondri gibi görev ve faliyet yaptigi düsünülmektedir.Ökaryot hücrelerde solunum enzimleri, stoplazmada zarla çevrili organeller içerisinde bulunurlar
TOPRAKTAKI PROTEIN BAGLARI
Toprakta veya organizmalardan protein baglarinda çesitli baglanma tipleri vardir.Polipeptid protein zincirlerinin prsmer yapisinda –S-S- köprüleri veya kovalent baglarla baglanirlar.Proteinler ikinci ve üçüncü yapilarinda iyonik yada elektrostatik baglar,hidrojen baglari,ayrica yan zincirler arasinda VAN-DER WAAL kuvvetleri gibi zayif baglarla baglanirlar.Mikroorganizmal yasanti olmayan topraklarda –S-S- köprüleri veya kovalent baglar veya van der waal kuvvetleri olmadigindan protein baglama veya protein islevi olmamaktadir.Dolayisi ile topragin protein depolamasi özelligi olmadigi için,mikroorganizmal yasanti olmayan topraklarda bitkilerin protein sentezini olusturmasi imkansizdir.
Proteinleri bir baska özelligi de tasidiklari elektrik yüklerine de göre davranislaridir.proteinler uçlarindaki –NH3– ve COO – yüklü gruplarindan baska dikarboksilik ve diamino –aminoasitlerde içerdiklerinden asit bir ortamda proteinin amino gruplari hidrojen iyonu kazanir ve baz g.b. reaksiyon gösterir.-NH2-+H NH3-alkali bir ortamda bulunur tersi olur ve karboksil gruplari iyonlarina ayrilir.-COOH COO H
Canlilik özelligi olmayan her dokuda proteinler ortak veya proteine has özelliklerni ,reaksiyonlarini gösteremezler.Çünkü bu tür toprak veya özelligini kaybetmisdokular nötrdür.Nötr olan her zeminde protein sentezi,mikroorganizmal yasam ve olusum olmaz.Müdahele olmadikça.
Her proteinlerin belli bir pH da tasidigi (+)(-) elektrik yüklerinin toplami birbirine esit Yani 0 olur.Bu pH yada o proteinin IZOELEKTRIK noktasi denir.Izoelektirk noktada olan bir protein bir protein ,elektrik alaninin içerisine yerlestirilirse pH hiçbir kutuba dogru hareket etmez ;oysa izoelektrik noktasinin altindaki pH da bu proteinin katoda,,yüksek pH da anota göçer .Bu göçüse ELEKTROFEZ denir.
Proteinler hidrolizlendiklerinde pepton,polipeptd ve aminoasitlerine ayrilirlar.Proteinler biçimlerine göre ikiye ayrilirlar.Ipliksi proteinler (fibrilli ),küresel proteinler.Proteinlerin çogu küresel(globüler)tiptedir;çünkü protein uzunlugu boyunca çesitli ve belirli noktalarindankivrilma katlanmalarla globüler yapi olustururlar.Proteinler kandi aralarinda Basit proteinler ve birlesik proteinler olmak üzere ikiye ayrilirlar.
BASIT PROTEINLER:Basit proteinler hidrolizlendiklerinde yalniz aminoasitlere ayrilirlar.Bu gruba giren proteinler sunlardir:
ALBÜMINLER:Hayvan ve bitki hücrelerinde fazla miktarlarda bulunurlar.Suda erirler,isitilinca pihtilasirlar.Albüminlere örnek olarak;ovalbümin,serum albümin,laktal albümin,insülinsayilabilir.
GLOBÜLINLER:Suda çok az erirler veya hiç erimezler.Dogal tuz çözeltilerinde erirler.Isitilinca pihtilasirlar.Bunlardan bazilari serum globülin miyozindir.
HISTONLAR VE PROTAMINLER:Suda erimezler lakin sulu asit ve alkali çözeltilerde erirler.Bugday,arpa,pirinç tanelerinde bulunanlar bunlardan bazilaridir.
SKLEROPROTEINLER:Bu gruba giren proteinler erimeyen ve heterojen olan fibrilli yapidaki hayvansal proteinler Kollagenler,elastin ve keratindir.
BIRLEÞIK PROTEINLER:Bu proteinler basit proteinlerin PROSTETIK grup adi verilen baska bir madde ile birlesmesi sonucu olusurlar.Hidrolize edildiklerinde aminoasitler ile aminoasit olmayan maddelere ayrilirlar.Birlesik proteinler arasinda nukleoproteinler,mukoproteinler ,glikoproteinler fosfoproteinler ,metaloproteinler (kromoproteinler) ve lippoproteinler sayilabilir.
NÜKLEOPROTEINLER:Nukleoproteinler histon yada protamin gibi bazik proteinler p
rostetik grup olarak nükleik asitlerle birlesirler,böylece nukleoproteinler olusurlar.
NUKLEOPROTEINLER (GLIKOPROYEINLER): Basit proteinler prostetik gruplar olarak karbonhidratlarla ,genellikle de polisakkaridlerle birlesirler.Sigir pankreasindan salgilanan deoksisbonukleaz(DNaz),RIBONUKLEAZ(RNaz),plazma hücrelerinin saldigi immünoglobulinler gibi çesitli albumin ve globulinler aslinda mukoproteindirler.Kan gruplari proteinleri ,tükrük bezleri ve sindirim sisteminin mukus bezleri salgilarida bu tip proteinler sinifina girerler.
FOSFOPROTEINLER:Prostatik grup fosfatlardir.Pepsin,kazain,ve vitelin bu gruba girer.
LIPPOPROTEINLER:Dokularin ortak olan yapi taslaridir.Bunlarda prostetik grup olarak lipid,protein molekülüne baglanirlar.(örtülü lipid)LIPPPROTEINLER çesitli hücresel zarlarda ,nukleusta ve kanda bulunurlar.
METALOPROTEINLER(KROMOPROTEINLER) de basit proteinler prostetik grup olarak metal molekülleri ile birlesirler.Kromoprotein adi renkli olduklarindan verilmistir.bunlar içinde en iyi bilineni hemoglobindir.(porfin+hem),prostetik grup olarak Fe(demir) içerir.HEMOSIYANIN ve KLOROKRUORINLER de prostatik grupCu(bakir),klorofilde Mg (magnezyum)içerir.Renkli sitokromlar,flavoproteinler ve miyoglobulinler de bu gruba girerler.
Proteinlerin özelliklerini kisa da olsa inceledik.Bitkilerin yasamsal faaliyetlerinde olmazsa olmazi makro ve mikro elementleri inceleyelim.Lakkin her seye ragmen protein türlerinde makro ve nikro elementler mevcuttur.Proteinler topraktaki ve orgnizmalardaki farkli dizilisleri yönü ile çok farkli replikasyon ve reaksiyonlarda bulunurlar.Çünkü DNA ve RNA gibi genetik moleküller bile yapilari hemen hemen ayni(kendi türlerinde)olmasina ragmen çok farkli reaksiyonlari oldugu gerçektir.
ETİKETLER: MİKROORGANİZMA GÜBRE,PROTEİNLİ GÜBRELER,ORGANİK GÜBRE FORMÜLÜ,BİTKİ BESLEME,BİTKİ KORUMA,BİTKİ BESLEME GÜBRESİ NASIL YAPILIR,AZOTLU GÜBRE,FOSFATLI GÜBRE,SIVI POTASYUMLU GÜBRE YAPIMI.
HAMMADDELER ANSİKLOPEDİSİ
